色谱仪是利用层析原理对不同组分进行分离，通过接入不同的分析器，对各种类型的物质进行分析。具体操作的时候，要看是哪种类型的色谱仪，虽然名称上是一字之差，具体操作的时候却有很大差别。即使同为液相色谱，型号不同操作也各异。如赛默飞的HPLC和UPLC，后者的智能化、自动化程度得到提升，人们在操作仪器的时候省去很多步骤，而准确度有了显著的提高。
操作条件上的区别：气相色谱要求给仪器升温，这样样品就能顺利汽化，而流动相也能加速流动，更快实现样品分离，这个温度有限制条件，不能超过仪器可以承受的温度，不能对色谱柱上的固定相造成影响，当然更不能影响样品的性质。液相色谱使用时候常温即可，加热反而可能影响样品性质，导致某些成分汽化，液相色谱仪的色谱柱则适合在常温下工作。进入色谱仪之前，液相色谱的样品要先溶解，便于仪器分析；气相色谱分析就没有这个特殊要求，样品只要过滤处理，过滤掉杂质就可以了气相色谱仪对样品的存在形态没有特定要求。有的时候，甚至无需进行样品预处理。将二者结合起来使用，可以分析常见的大部门化合物类型。
色谱分离之后就是检测分析，气相色谱与液相色谱连接的检测器也不太相同。其中气相色谱分析用到的检测器种类很多，而且灵敏度、检测限等各方面优势明显，尤其火焰离子化分析器。液相色谱仪的标配检测器是紫外检测器，其原理和紫外吸收光谱仪差不多。联用技术被气相色谱仪应用得炉火纯青，而液相色谱仪需要克服流动相的影响，还有很多问题需要解决。
